苦命少年鱼蛋儿机缘巧合遇到并救了被官兵抓捕的小黑，并收留他到自己家里住。小黑击碎了险些砸在鱼蛋儿身上的山石，两人一起和来到村子里的妖怪斗智斗勇并战胜了它。就这样，不知不觉中两人的关系越来越好，而鱼蛋儿却始终不知道这个头上长着尖角，一身怪力，不会说话，呆呆贪吃的小男孩竟然是一个小夜叉……一句话介绍：一段跨越种族的友情故事......

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”。为了将它夺回，游星逃出了卫星区

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往卫星区，阻止暗印人的计划。"/>

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了生命洪流龙，也让阿波利亚找到了希望。与此同时，布鲁诺为了教导游星如何击败Z-ONE，与游星展开了骑乘决斗，并提示了他加速同调之上的可能性。在布鲁诺与阿波利亚不惜牺牲的帮助下，游星与Z-O

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们，游星等人组成5D's队参加WRGP（世界骑乘决斗大赛）。WRGP以三人团体战进行决斗，讲究团队精神，登场的队伍各个都实力坚强。游星所率领的5D&#39