密战无声剧情讲述了在渡江前沿的海城，中共情报联络站一夜之间遭到国民党特务的毁灭性破坏。我党派出齐子义同志，通过各种渠道打入国民党保密局海城站，铲除叛徒，获取各类情报。
　　齐子义在刚到海城的第一天，陪同军统站廖站长一起和叛徒接头。齐子义万万没有想到，前来向敌人提供情报的竟是昔日战友褚兴，同时对方也认出了自己。紧急情况下，齐子义用备用手枪击毙了褚兴、廖站长和行动队刁队长，同时开枪将自己击伤。新任军统站站长尤放到任后到病房了解齐子义伤情，同时对齐子义产生怀疑。
　　此后，齐子义经历了特务组织的无数次考验，与敌人斗智斗勇，并在地下市委的配合下，同敌人展开了一次次生死搏杀。他抓住敌人内部尔虞我诈的特点，使敌人内部产生了一系列的暗杀和内讧。齐子义利用这样的机会，不断获取有价值的情报，为我军渡江战役做出了卓越的贡献。

　　本剧围绕错综复杂的谍报较量以及游击队与老百姓出生入死、顽强保卫我党地下工作的艰苦卓绝的斗争，不但呈现出了闽北山城抗日谍战的全景式画卷，更表现了我党地下工作者的机智、勇敢、忠诚，以及共产党与人民的水乳深情。

　　抗日战争中期，江南的一个小镇——灵湖镇的桃花巷内。
　　主人翁任旭堂出身于一个中医世家，虽然年纪轻，但从小在他父亲的熏陶下，颇懂医理。他为人聪明能干，办事精明，但又心地善良，生就一付乐天派的性格，好开玩笑，爱说俏皮话，所以引起非议。
　　任旭堂为同一条巷的丁家（丁家是开药店的）小姐打抱不平，也为了归还给父亲办丧事而欠下的高利贷债务，到丁家去当了一个挂名的“入赘女婿”。
　　任旭堂为治疗当地流传的一种从日本军营里传出来的瘟疫，发明了“三才九天汤”这一药方；和日本军部的特务、镇上保安团团长的斗争，终于用他的人品、才干，得到了人们的认可。

　　抗战全面爆发后，孪生兄弟于明阳（于震 饰）、于明辉（于震 饰）投笔从戎。明辉后来参加了中共游击队，投身到敌后抗日战场，由于从军前他有英语基础，所以很受上级重用，在根据地很有名气。抗战结束后，很快又开始了三年的解放战争，此时的哥哥于明阳则是从美国西点军校毕业的军事专家。华野总部获悉兄弟二人的情况后，派于明辉前去策反于明阳。军统局长毛人凤知悉于明阳归国，特派军统之花罗美慧（陈紫涵 饰）、心腹干将王松山（张鹰 饰）、张发运等前往迎接。由于多年的人生观、世界观不同，于明阳断然拒绝了弟弟的策反并发生火并，枪战中于明阳死在张发运枪下，审时度势的于明辉毅然假扮哥哥，深入到敌穴之中......

　　二次世界大战前夕，国际局势波谲云诡，暗流涌动，各方势力蠢蠢欲动，暴风雨的前夕分外肃杀可怖。在中国的东北地区，苏联和日本两大不同体制的国家也将迎来新一轮的较量。为了取得战局的主动性，日本特务机构根据苏联方面叛徒提供的情报，制定了暗杀斯大林的“猎熊行动”。为了粉碎关东军的阴谋，并铲除叛徒，苏共派出代号“野狼”的侦察员伊万诺维奇（别列佐夫斯基•叶夫根尼 饰）前往哈尔滨玛迭尔旅馆西餐厅，与中共的地下组织接头。哈尔滨站的负责人孙博文（邵兵 饰）负责街头事宜，然而狡猾的日本特科却一次次阻止了他的行动，孙更身陷囹圄，命悬一线。
　　在战争的前夕，谁人都不可信，支撑他们走下去的是各自心中不可动摇的信念……