TOM是一名时事追击版的特约女记者，负责专访传闻中的走私汽车大王，任务艰巨。为了保密行踪，遂下榻于报社驻大陆的联络人英叔家，因而结识了亚东，并聘请了他出任助手。TOM与东技巧地夺得汽车大王的走私犯罪证据。被他派手下追杀，千钧一发这际，青蜂侠从天而降，将坏人打个落花流水，青蜂侠功成身退又翩然消失，TOM更感惘然若失。于是，TOM立志留下，誓要找出青蜂侠……

　　从小右臂就具神力的大陆青年刘晶（周星驰 饰）来港不久便接连遭遇倒霉事，先是钱包被偷，而后行李也遭人抢劫，不过也因此结识放荡不羁的潇洒（钟镇涛 饰）。刘晶四处寻找工作，却迟迟未定，甚至还卷入黑帮斗争之中。走投无路之际，刘晶和潇洒决定参加散打比赛，更阴差阳错拜入具有黑社会性质的赵东拳馆。在黑社会师傅（成奎安 饰）的带领下，二人随同前去夜袭霍家拳馆的霍环师傅，籍此机缘，刘晶得以拜入霍师傅门下。二人都对师傅的女儿嘉敏（张敏 饰）存有好感，也由此闹出不少笑话。然而门下大师兄（尹扬明 饰）嫉恨刘晶，设计陷害，致使刘晶被逐出师门。他的未来将何去何从……

　　月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。
　　崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

　　锦毛鼠白玉堂因不满展昭被赐御猫封号，同结拜兄弟“陷空岛五鼠”在东京火神节上盗取火神像，以此羞辱负责巡防治安的展昭，不料二人在争抢火神像时，火神像居然“睁眼”流出诡异液体，祭祀大典和整个烟花坊突起水浇不灭的大火，无辜百姓被烧成灰烬，百姓皆言锦毛鼠触怒火神引来火刑天罚，开封府全城通缉陷空岛五鼠，锦毛鼠被陷害誓言要找到给火神像动手脚的神秘人，展昭从祭祀大典的烟花里发现了遇水则燃的赤焰枯磷，而紧接着负责火神节烟花表演的商人崔十、烟火坊龙婆都自燃而死，锦毛鼠和展昭都查到死去的二人和二十年前烟花坊的一次爆炸案有关，而那场爆炸案的幸存者肖炎为了复仇正打算炸毁东京城，白玉堂和展昭联手追凶，使得东京城免遭厄运。

　　军阀横行的民国初年，为人仗义的街头浪荡客孟刚（姜大卫）、铁虎（狄龙）是一对以打假、耍人、“骗钱”为乐的好兄弟，两人在乱世的缝隙中过着“两耳不闻窗外事，一心只行及时乐”的优哉日子。
　　某日孟刚结识革命军战士万大哥，经过短暂误会，两人成为朋友，并在万大哥的鼓动下和铁虎萌生帮助革命军的念头。通过父亲是军阀大头目的孟刚女友（井莉）的帮助，他们搞到一辆军用汽车，接着迎来潜入军阀阵营偷枪、与军阀展开连串斗智斗力的厮杀、把偷来的军火送交到革命军手中的刺激征程。

　　故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。
　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
　　面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……