1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会被破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。2000年，天才少年高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与怪兽展开了战斗。在获得战胜之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量

约在三千万年以前，人类处于超古代文明时期，守护人类的巨人们发生内战，原是地球最强的黑暗战士迪迦在受幽怜的感动后选择成为光之战士，使其黑暗力量长眠。奇杰拉花朵盛开，人们全部都陷入了因奇杰拉的花粉而产生的幻觉，认为已不再需要巨人。光之巨人不能干涉人类的选择，于是巨人把自己战斗的躯体隐藏在金字塔后，化作光离开了地球。邪神加坦杰厄带着毁灭的黑暗降临，超古代文明毁灭。21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军（UNDF）也因此完成了历史使命，TPC( 地球和平联合组织) 成立，人类

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现。

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……

已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。船员们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。不久到达波利斯的4名队员，而等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前却出现了人类认定已经灭亡了的怪兽。　　就在同一时刻,驾驭怪兽的青年也出现了!而他的目的又是什么呢......?