故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷

因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。天真善良的少女白雪（东山奈央配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃配音）选中的魔法少女们

萌田薰子是一名十五岁的女子高中生，同是也是一名四格漫画家。从很小的时候起，薰子就渴望着漫画家这一给读者带来快乐的职业，并且一直想着实现理想而方向努力前进着。怀揣着理想，薰子搬进了专门为漫画家提供住所的女子宿舍，在这里，薰子解释了一群志同道合的好友们。个性开朗思想单纯的少女漫画家恋冢小梦、虽然表面看来十分正经害羞，但实际上却创作出了令人血脉喷张的工口漫画的色情漫画家色川琉姬、常常因为过于带入到自己所创作的角色中而惹出很多笑料的少年漫画家胜木翼，和这些同道中人们在一起，薰子每一天都向着理想又迈进了一步。