喜欢魔术的高中生黑羽快斗。父亲是天才魔术师，但也有世界大盗怪盗基德这一不为人知的一面。然而，他的父亲因魔术中的意外事故而去世了。自那8年后，快斗意外得知了父亲背后的一面，怀疑他非因事故而死，而是被什么

在美丽的多多岛上，热心助人的托马斯是一辆可爱的火车头，他是一个完美主义者，最喜欢帮助别人，不过也常常因为过分热心而令自己卷入麻烦中。但是他乐观开朗，很快就会忘记不愉快的事，所以时常都是笑口常开、心情愉

这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

风和日丽的一天，铃木财团斥巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们受邀前来参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，江户川柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方非常胆大，公然炸毁拦