最初马可·波罗随同两个牧师被派往忽必烈朝廷传教，以期对方能皈依基督。然而半路上，马可就被随行的牧师们遗弃了，因为后者怀疑世上根本就没有中国这个国家的存在。在经历千辛万苦之后，马可终于凭借自己的力量到达了中国，并被视作外交使节加以礼遇。在随后的20年中，马可深入探寻中国文化，走过了许多地方。归国后，他写出了那本著名的《马可·波罗游记》，彻底改变了西方世界对于中国的看法。

寇克船长奉命最后一次指挥企业号宇宙飞船对抗外星人对地球的大规模攻击，他召集旧部和新队员执行任务，双方展开了一场殊死战斗。第一部的前半部几乎全是讲科克船长召集旧部来执行任务，开场就是久违的企业号穿越太空，这个新式造型委实让当时的影迷惊艳不已。后半部的内容不用说也可知了，寇克船长定是成功地掌握舰队，并伙同战友们拯救银河系于存亡之际。

寇克上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他好友冼扑无故身亡，而麦考亦莫名其妙地变得精神失常。寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此矢志要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星封锁区，跟敌军展开殊死之战！

星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸企业号……

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。

故事描述一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？