故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子在坠落山谷后起火燃烧，设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突

阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名，其身份却是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了完成一项隐秘的任务。他们认为柯南在怀疑他们并且已经察觉到了什么，于是决定把柯南带走并除掉。然而柯南睁开双眼时，却因为头部受到碰撞而失去了记忆。

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚!’ 突如其来的，在朝仓都知事那知道神秘的恐吓信函...。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁!虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。

浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary Read”在那里留有宝藏”的传说……来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时，一名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事件和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”中的秘密究竟是什么？这回，高潮的舞台，被转移至

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都

6件大范围的连续杀人事件发生在东京周边的数个地区。警方除了目暮警部之外，还派了各县的警员增援，小五郎也参加了搜查会议。此时柯南却因为一个偶然的契机，发现一个警察从会议中离席，并乘上了一辆跑车离去。 “那辆车……居然，是琴酒！！” “黑衣人组织”中的一员居然潜入了搜查会议，琴酒肯定是想乘坐跑车逃走。连续杀人事件莫非是“黑衣人组织”做下的罪恶勾当？事态一触即发！！如果让琴酒知道工藤新一仍然活在这个世上，那么不止新一本人，只要和他扯上关系的朋友们都会被从这个世上抹杀掉。所以在明知危机四伏的情况下，柯南仍然开始单

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时