《湄洲岛奇缘》讲述的是台湾光复后的一九四六年，在海南某码头，当年被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妻子阿清终于登上了台湾“安祥号”轮船返乡。天有不测风云，“安祥号”在返乡途中失去动力，老天爷抛弃了这条满载劳工的旧船。祸不单行，屋漏又逢连阴雨，阿清就要生产了。阿清终于生下了林海安、林海祥一对可爱的双胞胎。分离在即，林志雄夫妇把亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上。带着难舍的情缘，离开了湄洲返回台湾。从此数十年，隔海想望，两地相思。五十多年后，随台湾妈祖信徒进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影，寻亲的林永吉

1941年年初的一个夜晚， 由日本派到中国的秘密信使在上海的南京路被一伙身份不明的人所劫杀。 他所带来的重要秘密信件被劫走。原来， 这一伙身份不明的人是重庆国民政府中情局所训练出来的秘密工——黑玫瑰行动小组。这个小组的组长是年轻漂亮的黎紫涵和三名豆蔻年华的姑娘，她们分别是白如意、吴天娇和穆阳。黎紫涵从劫来的信件中只发现了5个字——“富士山的雪”。

21世纪刚过，辛小华给寡居多年的母亲辛瑞芳在婚介所报了名，而辛瑞芳在路上因救了一个出车祸的老人家而延误了相亲。相亲对象丁万良一直照顾着亡妻的弟弟和岳母杜奶奶，去医院看望街坊时，他发现辛瑞芳竟是多年前救