故事以大雄与小夫以「恐龙是否完全绝种」进行辩论展开序幕，由于认为恐龙仍然存在的主张遭到小夫以科学而合理的方式完全否定，大雄向哆啦A梦寻求帮助，然而当大雄向哆啦A梦所拿出的道具「OX占卜」询问「"地球上"是否还有恐龙活着」时，却得到了否定的答复。之后，为了藏匿大雄零分的考卷，大雄与哆啦A梦使用寻找地底空洞的道具意外发现了宽敞的地下空间，并将之建造成众人的游乐场；但在同时，小夫却因接连在河川、自家后院与地下空间接连目击到恐龙而心烦意乱，烦闷的小夫为了了解真相

因为玩具机器人，大雄（小原乃梨子 配音）受到小夫（肝付兼太 配音）和胖虎（立壁和也 配音）的奚落，连哆啦A梦（大山のぶ代 配音）不愿帮他。为了寻找生气走掉的哆啦A梦，大雄通过任意门来到寒冷的北极，却在这里发现奇怪的机器人零件。在此之后，各式的零件源源不断从空中掉落至大雄的家中。由于零件过于巨大，为了不引起骚动，两个好友将机器运到镜面世界，并组装成巨大的机器人。他们兴奋地邀请静香（野村道子 配音）来镜面世界玩耍，偶然间发现机器人竟然装备有威力强大的武器。不久，一个名为莉露露（山本百合子 配音）的女孩出现在小

故事是讲述大雄一天捡回了一棵小树苗，后来利用多啦A梦的植物自动急速生长液令树苗急速生长和懂得思想和行动。小树成为大家的一份子，后来延伸至植物圣地。植物圣地的人有感地球不断受到污染，让绿油油的树急速消失。此举令圣地的人动火了，绿之星的公主准备率领圣者一起将地球的树夺走，更忽视了小树，因为小树具有绿色巨人的灵魂，大家可以利用它。圣地有所行动了，小树亦对地球的污染感到失望，绿色巨人的灵魂苏醒了。小树摇身一变，成为绿色巨人。大雄等人开始要抢回小树。

由于在现实生活中太过不顺，加上空地也无法玩耍，大雄和他的伙伴小夫、胖虎和静香决定进行史上最大规模的离家出走。同时，由于发生时空错乱，一名名叫古古儿的远古时代中国人来到20世纪的东京，后被大雄等发现，带到七万年前。原来古古儿所在的光明族被黑暗族侵略，而黑暗族的首领是来自未来世界的巨尊比，他妄图改变世界历史，但是在时光巡逻队的协助下，最后巨尊比的阴谋破产，而古古儿和他的部族来到了日本，成为日本人的始祖。舞台在七万年前的中国。

暑假将到，大家为露营地点的事而争执。大雄和静香想去海滩，胖虎和小夫则想去爬山。最后在哆啦A梦的建议下决定去海底山。去海底露营的大雄等遇到了海底人，并且由于海底火山活动的影响，得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事，如果亚特兰提斯发射鬼角弹，那么全世界都会毁灭，因此为了阻止鬼角弹发射，大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。

罗布鲁在超越时空时发生事故，飞船的门与大雄房间的塌塌米连接在一起。从此旷野星成为大雄的第二游乐场。大雄与罗布鲁们度过了愉快的时光。但是卡尔泰矿业公司为获得矿藏不断威胁星球上居民的安全…

暑假的自由研究进行不下去的大雄，用哆啦A梦的秘密道具“创世组件”开辟新的宇宙，观察地球型行星的历史。在诞生了人类之中，有个与大雄长相非常像的人。大雄对自己的祖先提供援助，成为那个世界的神秘力量。到了现代后，野比野美秀和出木松，源静代等向南极进发。并且看到了在地下世界的昆虫文明。原来，在新的地球里本来应该发展的是昆虫文明。到底新世界的命运的将何去何从……

在一次偶然的情况下，大雄与多啦A梦穿过秘密通道时空圈，闯进一个森林中古代文明的国度----（玛雅王国），他们遇上跟大雄长得一模一样的迪奥，迪奥是玛雅王国的王子。迪奥王子的母亲中了魔女娜汀拉的诅咒，正在长眠。为了救母亲，迪奥王子一定要打败娜汀拉。因此在森林中修炼。迪奥王子从大雄口中得知现代日本的事，便对日本产生兴趣，所以迪奥便希望与大雄转换身份，到日本修炼。大雄便成为了王子；王子就成了大雄，各自展开不一样的生活，最后迪奥在日本认识了技安等人，他们一起去对抗娜汀拉，究竟他们能否打败娜汀拉救迪奥的母亲？

小風在偶然的机会下认识了大雄，并被大雄收留成为好朋友。大雄、哆啦A梦和带小風无意间闯进了风之村，这里的人都是利用风从事所有的事情。此时，被封印已久善于利用风做坏事的岚族邪恶族长乌兰达被唤醒过来，竟然想重新利用怪物馬風卡征服世界，可爱的小風竟然是怪物馬風卡的一部分，为了拯救世界及小風，大雄及哆啦A梦将要一起经历一个不可思议的旅程。

大雄在睡梦中通过粉红色的雾走进一个动物王国，里面人人和平相处，科技发达，是真正的乌托邦！原来动物王国是在遥远的星球，而粉红色之雾是来自未来世界的随意气，是可以用来通往遥远的地方！哆啦A梦回到地球后，收到未来动物星球的求救消息，但随意气已经用完，他们该怎么办呢？ 　在这个绿色的动物星球上，都是些爱好和平的动物们。但和动物星的平行星中，却住着贪婪的人类。于是战争又开始了……