狡猾的迷雾捉走了萌宠，猪猪们迅速找到迷雾撤退的路线——冰凌城。与此同时，猪猪们却收到玻里森林遭受袭击的紧急信号。猪猪们决定兵分两路，猪猪侠与迷糊等人前往冰凌城去救宠物伙伴，而菲菲则带领波比和超人强乘坐九霄飞船前往玻里森林。全新的天空之城冒险之旅开始了！

猪猪侠与同伴接收到来自九霄星的求救信号，尽管他们已经失去了强大的超能力，但热心肠的猪猪们仍然义无反顾地再次启航，前往那个充满未知数的陌生星球。来到九霄星后，猪猪们看到了整个星球的地表都被灼热的岩浆覆盖，而空中竟然悬浮着许多壮观宏大、各具特色的天空之城！

为了庆祝猪猪们打败了作恶多端的风暴前线，太阳城又举办了一场热闹的英雄盛宴。但一阵突如其来的震动打破了宴会的气氛。原来是冲天城突然涌入了大量岩浆，猪猪们紧急前往地表展开救援，却因此被困在下九霄。他们决定前往下九霄的地心寻找五灵元素来解决这个危机……

在猪猪侠、阿五、小龙包的共同努力下，坏坏博士“掳走恐龙”的计划频频失败。正当他们为此高兴时，却发现有很多只恐龙同时失踪了。原来坏坏博士发明了控制恐龙的新手段，将这些恐龙全部藏进了他的恐龙研究所里。新一轮智慧与知识的对诀开始，猪猪侠等人必须突破全新的障碍，救回所有恐龙。只是，这次任务也更加艰难了……

《猪猪侠之南海日记 第二季》是猪猪侠全新番外科普系列动画片，讲述了超星特工猪猪侠和阿五结束恐龙世界的探险后，前往神秘的南海，调查海洋生物、完成记录的探险故事。

猪猪侠、阿五重返恐龙星，意外唤醒机器人阿七，从而恢复了阿五真正的虎星人身份。猪猪侠因为担心阿五，陪着他一起完成试炼任务。为此，他们不仅要齐心协力走出恐龙世界的蛮荒环境，到达勋章所在地；还要突破重重关卡，取得试炼徽章。

猪猪侠和阿五为了打造全宇宙最棒的恐龙博物馆，一起前往恐龙时代，记录各种恐龙的生态资料。

在美丽的猪猪星上，猪猪侠和菲菲、波比、小呆呆、超人强、迷糊来到海边享受美好时光的时候，一场突如其来的意外，众人被一只大海兽带到一个全新的海底文明蓝月星，并被告知蓝月星正面临灭顶之灾，还会殃及猪猪星。为了拯救家园，猪猪侠等人必须根据远古英雄的预言，去十二个不同的海域收集十二块海心碎片，恢复蓝月星的和平。

猪猪侠、阿五重返恐龙星，意外唤醒机器人阿七，从而恢复了阿五真正的虎星人身份。猪猪侠因为担心阿五，陪着他一起完成试炼任务。为此，他们不仅要齐心协力走出恐龙世界的蛮荒环境，到达勋章所在地；还要突破重重关卡，取得试炼徽章。

迷糊脑部受了重伤，并与大伙失散了。在乌吧星城内，猪猪侠等人一边躲开普利斯的耳目，一边寻找到了迷糊博士的下落。然而普利斯也率领钢齿虎军团而至。迷糊博士决定带领猪猪侠等人，跟普利斯来一场萌宠科技大战。